27 апреля 1682 года после 6 лет правления скончался царь Фёдор Алексеевич (читать о Царе Федоре Алексеевиче). Как только удар колокола известил о смерти Федора, бояре съехались в Кремль для обсуждения, кого из двух братьев (Ивана Алексеевича или Петра Алексеевича) они выберут. Слабоумие Ивана было всем известно, поэтому решили избрать Петра. Патриарх Иоаким, Нарышкины и их сторонники отправились к Петру, который был в хоромах у тела Федора, его нарекли царем и возвели на престол.
Тяжело было это принимать Софье Алексеевне. Исправить ситуацию можно было только путем бунта. И для этого был найден горючий материал – это были стрельцы. Стрельцы, которых в Москве было более 20 тысяч, уже давно проявляли недовольство и своенравие. Они были недовольны своим начальством, которые мучили их надсадной (напряженной, тяжелой) работой. Жалование им не шло второй год. А торговать в городе им не давали, так как немцы, жившие в Москве, всей торговлей завладели. Жаждали стрельцы перемен, хотели бунта.
Этим решили воспользоваться Милославские, подстрекая дополнительно стрельцов. Пустили слух, средь союзных стрельцов, что якобы Нарышкины задушили слабоумного Ивана. Вспыхнули стрельцы и с криками бросились к Кремлю, по пути лезли в боярские дома, грабили их, убивали. Испугалась мать Петра (Наталья Кирилловна), не знала она, что делать.
Тогда патриарх предложил им, чтобы вышли они на крыльцо и показали им целого Ивана. Что они и сделали, но толпа не успокоилась, она жаждала крови. Убили они тут же, на крыльце, приближенных к Нарышкиным бояр – Артамона Матвеева и Михаила Долгорукова. А после стали кричать: «хотим обеих царей, Ивана и Петра, хотим Софью, Софью хотим на царство».
После выборные от стрелецких полков явились во дворец и потребовали, чтобы царевна Софья Алексеевна приняла на себя управление государством по причине малолетства её братьев. Царица Наталья Кирилловна должна была вместе с сыном Петром удалиться от двора в подмосковный дворец в селе Преображенском.
Софья правила вместе со своим фаворитом Василием Голицыным. Вольтер говорил о ней: «Она имела много ума, сочиняла стихи, писала и говорила хорошо, с приятной наружностью соединяла множество талантов; они были омрачены только её честолюбием».
При Софье был заключен выгодный для России «Вечный мир» с Польшей. Договор закрепил за Русским царством Смоленск, Левобережную Украину с Киевом, Запорожье и Северскую землю с Черниговом и Стародубом. Договор по факту подтверждал условия Андрусовского перемирия, заключенного при Алексее Михайловиче, кроме следующего - Киев уже навсегда признавался принадлежащим Русскому царству с выплатой 146 тысяч рублей компенсации Речи Посполитой.
В 1687 и 1689 под руководством Василия Голицына были предприняты походы против крымских татар (идею предложила Софья для увеличения авторитета своей власти, чтобы окончательно закрепиться на троне). Однако, несмотря на значительное превосходство русской армии в силе, поход не принес значимого значения, а Крымскому ханству не было нанесено поражение. Голицын подвергся сильной критике за свои неудачные походы.
Рассуждая о причинах неудачи похода, историк Брикнер (российский историк немецкого происхождения), отмечал, что в ходе кампании столкновения между обеими сторонами носили характер лишь незначительных стычек, не доходя до настоящего сражения, а главными противниками русского войска были не столько собственно татары, число которых было невелико, сколько жаркий степной климат и проблемы обеспечения громадного войска в степи, усугубившиеся из-за охвативших армию болезней, степного пожара, оставившего лошадей без корма, и нерешительности командования.
27 августа 1689г. был заключен невыгодный для России Нерчинский договор (первый русско-китайский договор). Россия по договору лишалась крепости Албазин (находящейся в районе Амурской области), а также теряла освоенное ею Приамурье.
8 августа 1689г. несколько стрельцов прибыли в Преображенское и донесли Петру (читать о Петре I) о готовящемся покушении на него. Он решил бежать в Троицу. А 27 августа из Троицы выслал царский указ с требованием всем стрелецким полковникам явиться в распоряжение царя в сопровождении стрелецких выборных, по 10 человек от каждого полка, за неисполнение — смертная казнь. Софья, со своей стороны, запретила стрельцам покидать Москву, также под страхом смерти. Но власть Софьи неуклонно посыпалась. Все высшие чины уходили к Петру к Троице. Василий Голицын, после неудачной кампании против татар, уехал в своё подмосковное имение Медведково, и устранился от политической борьбы. У правительницы не осталось приверженцев, готовых рискнуть головой ради её интересов, и когда Пётр потребовал, чтобы Софья удалилась в Святодуховский девичий монастырь в Путивле, ей пришлось подчиниться. Вскоре Пётр для большей безопасности (чтобы у нее не было возможности организовать заговор) перевёл ее в Новодевичий монастырь. В монастыре к ней была приставлена стража.
Умерла Софья 3 июля 1704. Похоронена в Смоленском соборе Новодевичьего монастыря в Москве.
